Во многих странах большой баклан, а также другие виды рода бакланы, относятся либо к охотничьим видам, либо к вредителям, либо и к тем, и к другим.
При определённых условиях это означает практически круглогодичную возможность отстрела, а также разорения гнёзд и уничтожения кладок баклана в тех местах, где птицы наносят ущерб человеческой деятельности. Несмотря на это, бакланы во многих странах представляют всё большую и большую проблему.
Питаются эти птицы исключительно свежепойманной рыбой. Большие бакланы в поисках пищи могут летать на значительные расстояния, до 50 км, и нырять на глубину более 10 м. Размер рыб, которых птицы вылавливают, по данным зоологов, редко превышает 20–25 см. В день взрослый баклан ловит в среднем 700–1000 г рыбы, но в период размножения это значение может быть превышено более чем втрое. По данным латвийских учёных, колония бакланов в 1000 голов за три месяца съедает 25 тонн рыбы.
Именно это является основной проблемой во взаимоотношениях человека и баклана: эти птицы образуют колонии, которые при благоприятных условиях быстро разрастаются до огромных размеров. Если такая колония селится неподалёку от рыбных промыслов, то истощает их в этом месте очень быстро, а когда рыба заканчивается, бакланы легко меняют место. «Там, где такая колония провела лето и зиму, весной уже бессмысленно ставить сети: салаки не будет», – говорят рыболовы с балтийского побережья Латвии.
Другой не менее важной проблемой является то, что в месте обитания колонии едкий и обильный помёт бакланов очень быстро превращает острова и участки побережья в неприглядную пустыню. Растительность погибает, а вода в окрестностях колонии и присад портится на обширной акватории. На озере Онтарио, где обитает ушастый (двухохлый) баклан, эти птицы буквально убивают многочисленные мелкие островки, жалуются местные рыбаки и охотники. Для охотников на водоплавающую дичь эта птица вне закона. В сезон охоты её отстреливают при любой возможности.
По словам местных охотников, просто подплывают к островку, где замечают новые гнёзда, и стреляют. Есть специальные программы по сокращению численности бакланов в определённых местах. Одна из таких программ с 2011 года претворяется в жизнь в районе острова Тора на озере Симко (юг Онтарио), береговой линии которого разросшаяся колония этих птиц наносила большой ущерб. За девять лет было добыто более 4000 особей, а главное, выработаны методы и тактика охоты для действительно эффективного уменьшения размеров колоний.